Seit April 2006 liegt der Massnahmenkatalog des REP Birs vor. Er beruht primär auf der Machbarkeit und dem Verhältnis von Kosten und Wirkung und orientiert sich eng am 2003 erschienen «Leitbild Fliessgewässer Schweiz – Für eine nachhaltige Gewässerpolitik» des BAFU. Die wichtigsten Massnahmen haben zum Ziel, grössere, zusammenhängende, naturnahe Gewässer- und Auenlandschaften zu schaffen und damit ursprünglich heimische Tierarten wieder anzusiedeln sowie die Siedlungsentwässerung und Abwasserbehandlung weitgehend zu verbessern. Mit der Umsetzung können die ökologischen Ziele insgesamt bis 2050 erreicht werden.
Konkret werden an der Birs und ihren Hauptzuflüssen 380 künstliche Hindernisse entfernt oder entschärft, 140 km Flussufer aufgewertet sowie 80 ha Uferfläche für Auen und als Überschwemmungsfläche wieder freigegeben. Dabei werden der Hochwasserschutz verbessert und die Naherholung mit Bademöglichkeiten attraktiver. Diese raumrelevanten Massnahmen sind in den kantonalen Richtplänen bereits weitgehend aufgenommen. In Zwingen, Münchenstein, Birsfelden und Basel können schon jetzt erfolgreich revitalisierte Flussabschnitte der Birs besichtigt werden.
Im Jahr 2006 haben die fünf Kantone erstmals gemeinsam auch einige neue Parameter der Wasserqualität untersucht. Wie die nun vorliegenden Ergebnisse zeigen, zählt die Birs, gemessen an den Schwermetallgehalten, landesweit zu dem am stärksten belasteten Fliessgewässern - die die Qualitätsziele werden teilweise überschritten. Es wurde aber auch bestätigt, dass der Nährstoffeintrag dank einer effizienteren Abwasserbehandlung generell abnimmt, auch wenn gebietsweise noch erhöhte Belastungen mit Phosphor und gelöstem organischem Kohlenstoff auftreten. Trotz klar erkennbaren Fortschritten braucht es also weitere Anstrengungen. Dies gilt auch für die Belastung mit organischen Schadstoffen, denn Anfang 2008 wurden bei Fischen Belastungen mit polychlorierten Biphenylen (PCB) festgestellt. Die Klärung der Ursachen wird eng zwischen den Kantonen abgestimmt.
Die Daueraufgaben der Siedlungsentwässerung und der Abwasserreinigung müssen also gewissenhaft weiter geführt werden. Hier wurden bisher und werden auch in Zukunft die meisten finanziellen Mittel investiert.Die Regierungskonferenz der Nordwestschweizer Kantone beabsichtigt, den Regionalen Entwässerungsplan (REP) Birs in ein Integrales Einzugsgebietsmanagement (IEM) zu überführen. Dazu hat sie neu die interkantonale IEM-Birskommission eingesetzt. Die Kommission sorgt ab dem Jahr 2010 dafür, dass die im REP Birs beschriebenen Massnahmen koordiniert umgesetzt werden. Auch aktuelle und neue Fragen des Gewässerschutzes, des Hochwasserschutzes und der Wassernutzung im Birseinzugsgebiet werden hier integral weiter behandelt.
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