Die Qualität des Grundwassers im Kanton Basel-Stadt wird anhand von chemischen und physikalischen Parametern regelmässig durch das AUE überwacht. Jährliche Analysen aus 15 über das Stadtgebiet verteilten Messstellen (alle 5 Jahre werden 60 Messstellen beprobt) sowie 10 am Rande der Grundwasserschutzzone Lange Erlen zeigen, dass das Grundwasser eine gute Qualität aufweist.
Das AUE-Labor hat Arzneimittelwirkstoffe und andere Schadstoffe im Grundwasser der Schutzzone Lange Erlen in sehr geringen Spuren festgestellt. Die Ursachenabklärung zu den chlorierten Butadienen erfolgte im Zusammenhang mit den IWB. Die Untersuchungen ergaben, dass die Schadstoffe vermutlich aus der Versickerung von Rheinwasser stammen, welches zur Grundwasseranreicherung in die Langen Erlen gepumpt wird. Die Einflüsse von undichten Kanalisationen sind nur lokal bemerkbar. Der Einfluss der Wiese wird bei den vom AUE-Labor beobachteten Grundwasser-Fassungen ebenfalls nur lokal in der Nähe der Wiese beobachtet.
Die aktuellen Arbeiten zur Ortung von mit Abwasser belastetem Grundwasser kommen voran. Es wurden zusätzlich die Parameter Carbamazepin und Borat ins Programm aufgenommen. Sobald genügend Daten erhoben sind, können die weitaus arbeitsintensiveren Folgearbeiten in Angriff genommen werden.
Weniger gute Qualitäten sind dort festzustellen, wo in früheren Jahrzehnten sorglos mit Abfällen und Chemikalien umgegangen wurde (Gewerbe- und Industrieareale). Schadstoffe sind auf diesen belasteten Standorten mit dem versickernden Regenwasser bis ins Grundwasser ausgewaschen worden. Im Rahmen der «Altlastenbearbeitung» werden solche Belastungen festgestellt, überwacht und gegebenenfalls saniert. | 
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