Die Ammoniak-Emissionen des Verkehrs sind anteilsmässig insgesamt gering. Ammoniak entsteht bei der Verwendung von Katalysatoren bei Benzinmotoren. Ein weiterer geringer Anteil stammt aus den Kehrichtdeponien und Kläranlagen. Ammoniak trägt zu der ohnehin zu hohen Stickstoffablagerungen bei. Die Stickstoffablagerungen führen zu Überdüngung und damit Schädigung von empfindlichen Ökosystemen und zusätzlichen unerwünschten Einträgen in Boden und Gewässer. Der Stickstoffeintrag in den Wäldern der Region übersteigt die kritische Belastung.
Ammoniak ist auch als gasförmige «Vorläufersubstanz» an den übermässigen PM10-Immissionen (Feinstaub) mitbeteiligt, indem es bei Reaktion mit anderen gasförmigen Schadstoffen (SO2, NOx) zu partikelförmigen Ammoniumnitrat und Ammoniumsulfat umgewandelt wird. Je nach Standort kann der Anteil Ammonium an den PM10-Immissionen 10 bis 15% erreichen.
Der ausgewiesene Rückgang der NH3-Emissionen aus der Landwirtschaft zwischen 1990 und 2005 ist weitgehend auf den Rückgang der Tierzahlen bei Rindvieh und Schweinen - den Tierkategorien mit den höchsten Emissionen - zurückzuführen. Durch den Rückgang der Viehbestände reduzierten sich auch die Ammoniakemissionen. Aufgrund der Zunahme der Anzahl Tiere und höherer Milchleistungen bei den Kühen haben die NH3-Emissionen wieder zugenommen. Ein weiterer Grund für die Zunahme der Emissionen ist der aus Sicht des Tierschutzes begrüssenswerte Trend hin zur Einrichtung von Laufställen. Diese bringen höhere NH3-Emissionen mit sich, da sie gegenüber den früher üblichen Anbindeställen eine grössere verschmutzte Fläche haben. Im Bereich der Hofdüngerlagerung und -ausbringung konnten die NH3-Emissionen reduziert werden.
Die NH3-Emissionen werden aufgrund neuer Tierschutzbestimmungen in der Zukunft wieder leicht zunehmen. Nur durch geeignete Massnahmen beim Bau der Stallsysteme sowie bei der Hofdüngerlagerung und -ausbringung kann dieser Trend gestoppt werden.